在《超迷你战士第六季：史前大冒险》中时间追溯到了原始时代，原始人正在遭遇各种各样的烦恼，而这些烦恼是被负能量所化的“烦恼精灵”造成的！发明超过500的女娃先知制造出了充满正能量的“超迷你战士”迷你勇和迷你萌，开始了以打败烦…

超迷你战士与超超迷你战士通力合作，利用加减乘除的力量将所有烦恼星人全部变回烦恼蛋。但新的烦恼星人“恶果大王”就此登场，想女皇和萌的乱来之力让超迷你战士和烦恼星人频繁变人。另一边，疯癫的旋女贝比又来捣乱，超麻烦战士又惹出了…

静电超强力？午饭变酸了！没想到这个世界除了有烦恼星人，还有麻烦分子！麻烦分子比烦恼星人还小，小到肉眼看不见，超迷你战士必须把自己缩小到千分之一，才能进入奈米世界打击新形态的敌人；麻烦分子看起来天真无辜，却能对人类世界造成…

拒绝别人难吗？收过无法拒绝的礼物吗？勇敢的超迷你战士收到了烦恼星人老大想女皇的礼物，这个可怕的礼物竟然让超迷你战士失去了战斗能力！关键时刻，红发小帝带着哥哥快递小婴现身，这些欢喜冤家们能齐心协力、用快乐与勇气打败接踵而来…